食品飲料廠反滲透設備的運行原理是利用半透膜的特性，在一定壓力下使溶液中的水分子透過半透膜而截留下來其他雜質。反滲透膜的孔徑很小，只有 0.0001-0.001 微米，能夠有效地去除水中的溶解鹽類、有機物、重金屬離子等雜質，而出水水質可達到國家飲用水標準。同時，反滲透設備的能耗較低，只有傳統蒸餾法的 1/3-1/5，可以節約能源和降低運行成本。在食品飲料廠中，反滲透設備主要包括預處理系統、膜過濾系統和后處理系統三個部分。

預處理系統通常包括砂濾器、活性炭過濾器和保安過濾器等，用于去除水中的懸浮物、膠體、有機物和重金屬離子等雜質。膜過濾系統則包括反滲透膜、壓力容器和循環泵等，用于將水分子分離出來，同時將其他雜質截留下來。后處理系統則是對反滲透出水進行進一步處理，如消毒、PH值調節等。